Um ein laufendes Debian GNU/Linux-System herunterzufahren, sollten Sie den Rechner nicht über die Reset-Taste auf der Vorder- oder Rückseite des Rechners neu starten oder einfach abschalten. Debian GNU/Linux sollte auf kontrollierte Art und Weise heruntergefahren werden, andernfalls können Dateien verloren gehen und/oder die Festplatten beschädigt werden. Wenn Sie eine grafische Arbeitsplatz-Umgebung nutzen, gibt es dort für gewöhnlich eine Menüoption „Abmelden“, die es Ihnen erlaubt, das System herunterzufahren (oder neu zu starten).

Alternativ dazu können Sie die Tastenkombination Strg+Alt+Entf benutzen. Falls diese Tastenkombinationen nicht funktionieren, ist die letzte Möglichkeit, sich als root anzumelden und die entsprechenden Befehle einzugeben. Verwenden Sie reboot, um das System neu zu starten. Verwenden Sie halt, um das System anzuhalten (zu stoppen), jedoch ohne die Spannung abzuschalten^[15]. Um die Maschine abzuschalten, verwenden Sie poweroff oder shutdown -h now. Das systemd-Init-System stellt Befehle bereit, die die gleichen Funktionen bieten, z.B. systemctl reboot oder systemctl poweroff.