Běžící systém Debian GNU/Linux nesmíte vypínat tlačítkem reset nebo prostým vytažením napájecí šňůry ze zásuvky. Pokud se operační systém nevypne řízeně, mohou se soubory na disku ztratit nebo poškodit. Používáte-li desktopové prostředí, obvykle se v menu vyskytuje položka „Odhlásit“, která vám umožní systém vypnout (případně restartovat).

Na konzoli můžete použít klávesovou kombinaci Ctrl+Alt+Del . Pokud žádná z předchozích možností nefungovala, můžete se přihlásit jako uživatel root a zadat příslušný příkaz ručně. Systém restartujete příkazem reboot, zastavíte příkazem halt (bez vypnutí napájení) a zcela vypnete příkazem poweroff^[13] nebo shutdown -h now. Nový init systém systemd nabízí podobné příkazy se stejnou funkcionalitou, a sice systemctl reboot, systemctl halt a systemctl poweroff.